分子筛预装柱依靠孔径排阻分离不同大小分子，常用于蛋白、核酸、病毒载体和多糖纯化。它对环境敏感，最怕干涸、污染和柱压持续升高。正确清洗与保存能显著延长柱效寿命。
每次使用结束应先做常规清洗。用平衡缓冲液冲一至两个柱体积，把残留样品带走。若只是当天连续使用，缓冲液保存即可；若间隔超过一天，建议转成长期保存状态。分子筛流速不宜过快，清洗和平衡都应按介质说明控制线性流速，流速过高会降低分辨率。
再生通常在柱压升高、峰拖尾、分辨率下降或上端变色时进行。通用做法是用水冲洗后，再用稀碱液反向清洗，随后大量水洗净并重新平衡。具体碱浓度要看填料耐受范围，Superdex类常见可用零点几摩尔NaOH，Sephacryl通常有更低上限，不能超过厂家规定。
针对不同污染物可换清洗剂。蛋白沉淀可用尿素或盐酸胍；脂类残留可用异丙醇；核酸类残留可结合酶处理后再碱洗。强清洗后必须立即用水冲至中性，再用缓冲液平衡，避免填料长期接触pH。
长期保存关键是防干涸和防菌。步骤一般是：缓冲液冲洗，去离子水冲，再用百分之二十乙醇过柱，堵住柱口保存。乙醇浓度按厂家说明，目的是抑制微生物又不损伤介质。柱子不可冷冻，也不可竖直放置让空气吸进柱床。
操作禁忌有几点。严禁空气进入柱床表面，一旦进气泡会出现沟流，峰型展宽甚至不出峰。若不慎干涸，轻微时可反冲排气，严重则柱效很难恢复。上样体积一般控制在柱体积百分之一到五，高分辨率分离更小；样品粘度高可先透析或稀释。
分子筛预装柱的维护逻辑是：用完即洗、异常即再生、久置用乙醇、全程防空气。建立使用次数和柱压记录，比等到分辨率明显下降再处理更稳妥。保存得当的预装柱可支撑多次纯化，且批次间重复性好。
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